生物钟是指生物体中存在的一种可以调节其生理和行为周期性变化的物质基础，用于维持生物体的生理节奏和适应环境变化。一般而言，有许多动物和植物都拥有生物钟，它们可以自发、稳定、周期性地产生生理作用和行为反应。
已知的生物钟机制有多种。在哺乳动物中，主要的生物钟在下丘脑-松果体系统中。松果体分泌的褪黑激素可以抑制黄体生成素的产生，进而影响生物体的周期性变化。在下丘脑中，时针基因编码的时针蛋白和晨钟编码的晨钟蛋白构成了核锁定循环，包括阳性和阴性反馈回路。这些基因在一天中的表达量和稳定性发生周期性变化，因而可以产生生物钟周期的效应。
此外，一些研究表明光强等外部因素也可能影响生物钟作用。例如，普通日光可以关闭昼夜动物的生物钟，而蓝色的光则会殖民产生生物钟。
